Bên cạnh những thành tựu đạt được vẫn còn một số tồn tại, hạn chế, yếu kém và nguyên nhân như: Giá trị sản xuất chăn nuôi tăng trưởng chưa ổn định; quy mô chăn nuôi của các hộ còn nhỏ lẻ, manh mún, chưa có sự đầu tư lớn; sản phẩm chăn nuôi chưa có tính cạnh tranh cao trên thị trường; việc chế biến, bảo quản, tiêu thụ sản phẩm chưa được phát triển mạnh mẽ; hoạt động của Hợp tác xã và Tổ hợp tác chăn nuôi còn hạn chế, chưa hiệu quả, liên kết sản xuất, tiêu thụ sản phẩm chưa hình thành rõ nét; chăn nuôi, giết mổ chưa đảm bảo an toàn dịch bệnh, an toàn thực phẩm, chưa có giải pháp hữu hiệu về xử lý môi trường; đồng thời tình hình dịch bệnh truyền nhiễm mới nguy hiểm xảy ra ở động vật như: Bệnh Dịch tả lợn Châu Phi, bệnh Viêm da nổi cục, bệnh Cúm gia cầm,... làm ảnh hưởng không nhỏ đến phát triển chăn nuôi trên địa bàn huyện.

Nhằm phát huy tiềm năng, thế mạnh của địa phương về phát triển chăn nuôi an toàn, tạo ra sản phẩm đặc trưng đáp ứng nhu cầu tiêu dùng của thị trường, tăng sức cạnh tranh và tiếp cận thị trường tiêu thụ sản phẩm trong nước, ngoài nước; nâng cao kinh tế hộ gia đình, góp phần xóa đói, giảm nghèo, xây dựng đời sống nông thôn mới, tạo sinh kế, cải thiện đời dống nhân dân. Nghị quyết Đại hội Đại biểu Đảng bộ huyện lần thứ XXI nhiệm kỳ 2020-2025 đã đưa ra mục tiêu, nhiệm vụ và giải pháp chủ yếu để đẩy mạnh phát triển chăn nuôi giai đoạn 2020-2025; như: Phấn đấu tỷ trọng chăn nuôi trong giá trị sản xuất nông nghiệp đạt 45%/năm, đàn gia súc, gia cầm tăng trưởng hàng năm đạt 5-6%/năm, phát triển nông nghiệp theo hướng sản xuất hàng hóa, chuỗi giá trị tại ra các sản phẩm chất lượng mang tính đặc trưng của địa phương như: Bò vàng Hà Giang, Mật ong Bạc hà, lợn đen địa phương, gà xương đen địa phương,...;phấn đấu đến năm 2025: Sản lượng thịt hơi gia súc, gia cầm tăng bình quân đạt trên 13%/năm; duy trì, phát triển chăn nuôi đàn ong mật địa phương có trên 13.500 đàn, năng suất mật ong Bac hà ước đạt 3,5 lít/đàn, sản lượng mật ong ước đạt bình quân  61,5 tấn/năm; Đàn gia súc tăng bình quân 5,0%/năm, đến năm 2025 đạt 387.867 con, trong đó: số có mặt thường xuyên 78.754 con, xuất bán, giết mổ cả giai đoạn 309.113 con; Đàn gia cầm tăng bình quân 6,0%/năm, đến năm 2025 đạt 692,78 nghìn con, trong đó: số có mặt thường xuyên 300,5 nghìn con, số xuất bán, giết mổ cả giai đoạn 2.175,11 nghìn con; Phát triển trên 100 gia trại chăn nuôi, phấn đấu có 6 cơ sở, hộ chăn nuôi quy mô trang trại nhỏ theo tiêu chuẩn quy định của Luật Chăn nuôi; Quy hoạch vùng trọng tâm sản xuất giống lợn đen địa phương, mỗi xã, thị trấn trọng điểm có từ 10-20 hộ chăn nuôi, có từ 10-15 lợn nái trở lên/hộ, chuyên sản xuất con giống để cung ứng giống tại chỗ, đảm bảo an toàn dịch bệnh, đồng thời, định hướng xây dựng chỉ dẫn địa lý cho sản phẩm thịt lợn đen Hà Giang; Phấn đấu đến năm 2025, xây dựng trên 5 cơ sở (tổ chức, doanh nghiệp) liên kết sản xuất, tiêu thụ sản phẩm chăn nuôi, tạo thương hiệu sản phẩm đặc trưng của địa phương được công nhận đạt tiêu chuẩn OCOP; Xây dựng các cơ sở chăn nuôi, giết mổ động vật, chế biến sản phẩm gia súc, gia cầm đạt tiêu chuẩn vệ sinh môi trường, vệ sinh thú y, an toàn thực phẩm, an toàn sinh học theo quy định Luật Chăn nuôi, Luật thú y, Luật Môi trường.

Để đạt và vượt các chỉ tiêu Nghị quyết Đại hội Đại biểu Đảng bộ huyện khóa XXI, nhiệm kỳ 2020-2025, Huyện ủy Đồng Văn đã ban hành Chương trình hành động thực hiện Nghị quyết; chỉ đạo, triển khai thực hiện quyết liệt các giải pháp phát triển kinh tế, tái cơ cấu ngành nông nghiệp theo hướng trọng tâm, trọng điểm, gắn kết chặt chẽ các khâu sản xuất, chế biến, liên kết tiêu thụ sản phẩm theo chuỗi giá trị; rà soát, đánh giá, điều chỉnh quy hoạch vùng phát triển sản xuất phù hợp với điều kiện tại các xã, thị trấn; chuyển đổi mạnh sản xuất nông nghiệp theo hướng tăng tỷ trọng các loại cây trồng, vật nuôi có giá trị kinh tế cao; chỉ đạo phát triển chăn nuôi toàn diện với quy mô chăn nuôi nông hộ, gia trại, trang trại nhỏ theo Đề án phát triển nửa triệu con đại gia súc của tỉnh; đẩy mạnh cải tạo con giống gia súc, gia cầm, xây dựng vùng sản xuất giống lợn, giống gia cầm địa phương, từng bước nâng cao chất lượng đàn gia súc, gia cầm giống địa phương; tăng cường công tác thú y, làm tốt công tác phòng, chống dịch bệnh, đói rét cho đàn vật nuôi; vận dụng linh hoạt các nguồn vốn đầu tư hỗ trợ của Nhà nước và các tổ chức, cá nhân cho phát triển chăn nuôi; ứng dụng, sử dụng có hiệu quả Chỉ dẫn địa lý mật ong Bạc hà, sản phẩm thịt bò Hà Giang.

Trong năm 9 tháng đầu năm 2022, mặc dù có nhiều ảnh hưởng bất lợi của thời tiết rét đậm, rét hại, thiếu nước, giá thức ăn chăn nuôi tăng cao, thị trường tiêu thụ sản phẩm chăn nuôi giảm mạnh, các loại dịch bệnh mới phát sinh như bệnh Dịch tả lợn Châu Phi, bệnh Viêm da nổi cục trâu bò, Cúm gia cầm,... Với nhiệm vụ, các giải pháp chủ yếu của Nghị quyết Đại hội Đại biểu Đảng bộ huyện khóa XXI nhiệm kỳ 2020-2025 đã được cấp Ủy, Chính qyền các cấp, các ngành và sự đồng thuận của nhân dân triển khai thực hiện có hiệu quả, lĩnh vực phát triển chăn nuôi có kết quả nhết định như: Tổng đàn gia súc tăng trưởng được 7.099 con, tăng 1.699 con so với cùng kỳ năm 2021; số gia súc hiện có 78.196 con/78.189 con, đạt 100% NQ, KH, xuất bán gết mổ được 58.322 con/58.318 con, đạt 100% NQ, KH, tăng  9.970 con so với cùng kỳ năm 2021. Tổng đàn gia cầm hiện có 291,09/291,06 nghìn con, đạt 100% NQ, KH, tăng 8,17 nghìn con so với cùng kỳ năm 2021, xuất bán, giết mổ 366,2 nghìn con/366,77 nghìn con, đạt 99,8% KH, tăng 29,25 nghìn con so với cùng kỳ năm 2021. Duy trì đàn ong mật 13.500 đàn, đạt 100% NQ, KH. Chế biến ủ chua cỏ được 5.342 tấn/7.755,0 tấn, đạt 68,8% so KH, số hộ thực hiện 6.503 hộ, chiếm 53,25% số hộ chăn nuôi gia súc, đạt 76,07% so với NQ, KH. Thụ tinh nhân tạo bò được 804 con/1.000 con, đạt 80,4% so KH; thụ tinh nhân tạo lợn được 421 con. Từ đầu năm phát triển mới được 10 hộ chăn nuôi quy mô gia trại/7 xã, thị trấn, hiện có 78 hộ chăn nuôi đạt quy mô gia trại/18 xã, thị trấn (chăn nuôi bò từ 15-20 con/hộ, chăn nuôi lợn 30-70 con/hộ, chăn nuôi gia cầm từ 500 con/hộ).  Dịch bệnh gia súc, gia cầm được khống chế, ngăn chặn kịp thời, không làm lây lan ra diện rộng. Tỷ trọng chăn nuôi trong ngành nông nghiệp đạt 40,1%/năm 2022, đạt 100% NQ, KH.

Kết quả một số chỉ tiêu về phát triển chăn nuôi trong năm 2022 đạt, vượt chỉ tiêu NQ, KH; cho thấy công tác chỉ đạo, triển khai thực hiện Nghị quyết số 01-NQ/HU ngày 15/8/2020 của Đại hội Đại biểu Đảng bộ huyện lần thứ XXI, nhiệm kỳ 2020-2025; Nghị quyết số 04-NQ/HU ngày 08/4/2016 của Huyện ủy Đồng Văn, tại Hội nghị lần thứ 7, Ban Chấp hành Đảng bộ huyện khóa XX về đẩy mạnh phát triển chăn nuôi huyện Đồng Văn giai đoạn 2016-2020, định hướng đến năm 2025; bước đầu đã có kết quả, hiệu quả cao, chăn nuôi góp phần không nhỏ vào công cuộc xóa đói giảm nghèo bền vững đối với đồng bào dân tộc thiểu số, nhân dân trên địa bàn huyện Đồng Văn.